В фильме "Мисс Уиллоуби и книжный магазин с привидениями" рассказывается история Элизабеты Уиллоби, которая, потеряв родителей в раннем возрасте, была воспитана военным Робертом Виндзором — давним другом её семьи. Под его заботливым руководством Лиззи овладела боевыми искусствами и погрузилась в изучение науки. Теперь она — профессор Университета древних цивилизаций, страстно увлечённая разгадкой тайн прошлого.

Однажды к ней обращается владелец антикварной книжной лавки с необычной просьбой: его жена утверждает, что в магазине бродит призрак. После разговора с женщиной Элизабет начинает подозревать, что загадочный призрак удивительно похож на её покойного отца. В поисках логического объяснения происходящему, она решает провести собственное расследование, погружаясь в мир мистики и тайн, которые могут изменить её представление о жизни и смерти.

Фильм сочетает в себе элементы детектива и фэнтези, исследуя темы утраты, любви и загадок, которые переплетают прошлое и настоящее. Элизабет, обладая научным подходом и смелостью, открывает не только тайны призраков, но и глубинные аспекты своего собственного существования.