Прошло два года с момента последних событий. Пути Ёродзуи разошлись: Гинтоки исследует Альтану, Кагура путешествует по космосу в поисках способа вернуть Садахару в прежнее состояние, а Шинпачи старается сохранить остатки их общего дома. Однако надвигается новая угроза: остатки Тендошу, благодаря атаке Гориллы с использованием бананов, падают на Центральный терминал и вновь намереваются использовать Альтану для своих целей. Настало время друзьям в последний раз встать на защиту Эдо, чтобы исполнить желание Шоё Йошиды и спасти своё будущее.