В центре сюжета фильма "Капитан полиции метро" оказывается загадочное убийство, произошедшее на станции «Охотный ряд» московского метрополитена. Жертвой стал неизвестный мужчина, личность которого долгое время остается неразгаданной, так как при нем не находят ни документов, ни ключей. Однако вскоре становится известно, что он был важным информатором ФСБ, что поднимает дело на новый уровень.

Команда следователей под руководством капитана Мышляева начинает расследование и вскоре находит ключевую свидетельницу — девушку по имени Ксения, известную под прозвищем Холера. Она стала свидетелем того, как вору-карманнику удалось украсть у погибшего ключи всего за несколько минут до его убийства. Эта находка открывает перед полицейскими цепочку таинственных событий и приводит к множеству подозрительных личностей, которые начинают регулярно появляться на станции.

Фильм не только погружает зрителя в мир криминальных расследований, но и подчеркивает важность информации в современном обществе, где каждое действие может стать решающим в борьбе с преступностью. В ходе расследования капитан Мышляев и его команда сталкиваются с неожиданными поворотами и раскрывают сложные связи, которые ведут к раскрытию не только убийства, но и более широкой сети интриг, затрагивающей интересы различных силовых структур.