Четыре брата-черепахи, на протяжении всей своей жизни прятавшиеся от людей в нью-йоркских канализациях и изучавшие искусство ниндзюцу, решают выйти на поверхность и попробовать вести обычную жизнь подростков. Вместе со своей новой подругой Эйприл О’Нил они начинают расследование, которое приводит их к опасному преступному синдикату и армии мутантов.