Воздушный флот компании WILLE успешно завершает операцию в Париже: отбивает атаки армии беспилотных роботов, активирует гигантский уплотнительный столб, восстанавливает город и получает боеприпасы и запчасти для «Евангелионов». В это время Синдзи, потерявший волю к жизни после смерти Каору и почти устроенного им самого Четвёртого удара, вместе с Рэй послушно следует за Аской. Вскоре они оказываются в Третьей деревне — восстановленном поселении, где люди стремятся наладить мирную жизнь.