В последние дни Второй мировой войны пилот камикадзе Коити Сикисима совершил посадку на острове Одо, где находилась ремонтная база императорской армии Японии. В тот вечер на них внезапно напал гигантский ящер, известный местным жителям как Годзилла.

Коити возвращается в разрушенный Токио, где он потерял родителей, а его дом стал лишь грудами обломков. Он пытается наладить свою жизнь и вскоре встречает девушку, также потерявшую семью. Она спасла младенца во время воздушного налета, и теперь они становятся близкими.

С течением времени жизнь начинает налаживаться: Коити устраивается в команду по разминированию в Токийском заливе. Однако однажды их хрупкий деревянный катер сталкивается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини стал еще более гигантским и агрессивным.